La Baie du Mont Saint-Michel bénéficie de nombreuses zones de protection des espaces naturels et des espèces, qui parfois se superposent.
Elle est classée en Zone naturelle d'intérêt écologique floristique et faunistique (ZNIEFF) de types I et II, en Zone Importante pour la
conservation des oiseaux (ZICO), en Zone de protection spéciale (ZPS) et est concernée par la convention RAMSAR. Plusieurs sites de la
baie sont classés et inscrits au titre de la loi du 2 mai 1930. Le Mont Saint-Michel et sa baie sont également inscrits sur la liste du
patrimoine mondial de l'Unesco depuis 1979.
Les terrains acquis par le Conservatoire du littoral sont remis en gestion au Syndicat mixte "Espaces littoraux de la Manche" qui assure
leur surveillance et leur entretien courant. Cette mission de gestion est financée par la perception par le Conseil général de la Taxe
départementale sur les espaces naturels sensibles (T.D.E.N.S.). Un garde du littoral est présent sur le site. Il a en charge le gardiennage,
l'entretien et le suivi scientifique, ainsi que les relations avec les usagers locaux.
L'agriculture sur les terrains du Conservatoire est un outil de conservation et d'entretien du paysage.
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